根據(jù)蛋白質(zhì)相互作用對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行功能注釋來源于對(duì)已有的實(shí)驗(yàn)信息的觀察和分析。在已有的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中，生物學(xué)家發(fā)現(xiàn)，相互作用的蛋白質(zhì)大多具有相同的功能。應(yīng)用*早*簡(jiǎn)單的方法是“連生”法(guiltbyassociation)。其原理是：如果一未知功能蛋白質(zhì)與一已知功能蛋白質(zhì)相互作用，則可以將已知蛋白質(zhì)的功能賦予給未知功能的蛋白質(zhì)。這一原理隨后被進(jìn)一步地應(yīng)用到了蛋白質(zhì)相互作用的網(wǎng)絡(luò)，稱為多數(shù)決定原則(majorityruleassignment)，即在蛋白質(zhì)相互作用的網(wǎng)絡(luò)中，如果與未知功能的蛋白質(zhì)X相互作用的幾個(gè)蛋白質(zhì)都具有同一功能，則未知蛋白質(zhì)X也具有相同的功能。當(dāng)與未知功能蛋白質(zhì)相互作用的幾種蛋白質(zhì)所具有的功能有差異時(shí)，則未知蛋白質(zhì)功能的注釋將依據(jù)多數(shù)的原則，即與其他占多數(shù)的蛋白質(zhì)功能一致。但是該方法的缺點(diǎn)是不僅不能對(duì)相互作用的兩個(gè)蛋白質(zhì)都是未知蛋白進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，而且對(duì)于一個(gè)蛋白質(zhì)相聯(lián)的蛋白質(zhì)分屬于不同功能的個(gè)數(shù)相同的情況，也很難對(duì)該蛋白質(zhì)進(jìn)行功能預(yù)測(cè)。為此，Hishigaki等人提出了一種對(duì)鄰近的幾個(gè)蛋白質(zhì)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)的方法，而不僅僅采用與之有直接相關(guān)的蛋白質(zhì)。但是，這個(gè)距離的度很難把握。隨后，Zhou等人提出一種非本地方法，即應(yīng)用表達(dá)譜之間相關(guān)性得到的網(wǎng)絡(luò)圖中的*短距離來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能。該方法為從非本地化角度提供了一種新的思路。

 

   上面的方法主要是根據(jù)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的局部進(jìn)行的功能預(yù)測(cè)，為了充分利用蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)更系統(tǒng)地為蛋白質(zhì)賦予功能，又有幾種從全局的角度進(jìn)行功能預(yù)測(cè)的方法被開發(fā)出來。Deng等人基于馬爾可夫隨機(jī)模型開發(fā)了一個(gè)數(shù)學(xué)模型，該模型不再是對(duì)相互作用蛋白質(zhì)功能之間簡(jiǎn)單的查詢，而是應(yīng)用貝葉斯方法對(duì)未知蛋白質(zhì)賦予一個(gè)功能并給出一個(gè)概率，相當(dāng)于給了一個(gè)可信度。Vazquez等人應(yīng)用模擬退火算法，對(duì)整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中的未知蛋白質(zhì)賦予功能，然后找到能量*低的組合，這樣對(duì)每一個(gè)未知蛋白質(zhì)都賦予功能，并給出一個(gè)概率。Karaoz等人在整合了基因表達(dá)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上應(yīng)用Hopfield網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的局部閾值原則(10cal—thresholdrule)使得整個(gè)網(wǎng)絡(luò)達(dá)到一個(gè)穩(wěn)態(tài)，這樣對(duì)整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中的未知蛋白都進(jìn)行了功能預(yù)測(cè)。

 

   在研究蛋白質(zhì)相互作用的過程中，往往會(huì)發(fā)現(xiàn)所研究物種的蛋白質(zhì)相互作用的信息少，很難預(yù)測(cè)與其相互作用的其他蛋白質(zhì)。在這種情況下，可以利用其他物種中的相關(guān)信息來提供幫助。如可以尋找其他物種中與所研究的蛋白質(zhì)同源的蛋白質(zhì)，利用相關(guān)的方法尋找與其相互作用的其他蛋白質(zhì)，然后，再根據(jù)同源性找出所研究物種中的蛋白質(zhì)，從而為實(shí)驗(yàn)提供相關(guān)的線索。